Muchos veces bajamos fuentes de programas y vemos que para instalar solo hay que ejecutar 3 lineas: ./configure && make && make install
pues no sabia como se realizaba eso, ademas los makefiles son muy grandes para ser generador por un programador. Pues encontre como se hace,
se usa una serie de programas de automake. Pues les dejo el link de la pagina http://wiki.freaks-unidos.net/usando%20autoconf%20y%20automake
yo ya lo probe y me funcionó, lo hice para mi proyecto y solo tuve que definir unas cuantas lineas.
Solo unos comentarios para que no se aporreen como yo, si lo que se va a compilar es en c++ hay que cambiar la linea AC_PROG_CC por AC_PROG_CXX en el archivo configure.in, y todos los archivos deben tener la extencion cpp, pues en mi proyecto avian unos con extencion c y me marcaba errores extraños al compilar.Pero con ese se arregló.
Para incluir bibliotecas externas abrí el makefile que generó en la carpeta de las fuentes(src) y agregue las lineas en CXXFLAGS, en mi proyecto puse:
CXXFLAGS = -g -O2 -lSDL -lSDL_gfx -lSDL_image -lSDL_mixer,( la opcion de optimización viene por defecto)
Saludos.